Frimureriet kom til Danmark fra England via det europæiske kontinent i første halvdel af 1700-tallet og blev hurtigt populært pga. sine budskaber, men også fordi det nød bevågenhed fra kongehuset. Flere konger var Ordenens Stormester. Den første danske loge blev oprettet i 1743. I dag er der ca. 90 loger herhjemme.
Det moderne frimureri
Det moderne frimureris opståen dateres til d. 24. juni 1717, hvor fire loger i London mødtes og enedes om at stifte en storloge. Storlogen blev i 1813 forenet med en konkurrerende engelsk storloge under navnet Den Forenede Engelske Storloge, som i dag regnes for den ældste storloge i verden. Fra England fandt frimureriet vej til kontinentet, og det kom til Danmark i 1743, da fem frimurerbrødre mødtes i København og stiftede den loge, der siden skulle få navnet St. Martin.
I de første år arbejdede de danske brødre efter en tysk variant af det engelske frimureri. I 1765 overgik frimureriet herhjemme til et kristent højgradssystem kaldet strikte observans, der var udviklet i Tyskland. Dette system gennemgik senere en revision og skiftede navn til det rektificerede system. I løbet af 1850’erne blev det afløst af det såkaldte svenske system, som Ordenen fortsat anvender, og som er et sammenhængende system bestående af 11 grader, der erhverves i tre ordensafdelinger kaldet Johannes-skiftet, Andreas-skiftet og Kapitlet. I 1858 blev Den Danske Store Landsloge oprettet, hvormed arbejdet i kapitelgraderne blev indledt. Overgangen til det svenske system blev fuldendt i 1862, hvor XI grad blev indført.
I 1855 var der kun tre loger i Danmark, men i de følgende 100 år fandt en markant fremgang sted, idet en række loger oprettedes på tværs af landet. Den stærke søgning til frimureriet var understøttet af en stor bevågenhed fra kongehuset, hvor først Christian VIII, siden Frederik VII, Frederik VIII, Christian X og prins Harald havde stået i spidsen for de danske frimurere fra 1830’erne til midten af det 20. århundrede.
Ordenen i dag
Ordenen består i dag af 92 loger i hele landet og tæller ca. 7.000 medlemmer. Efter indgåede overenskomster med Ordenen er Johanneslogeforbundet og Det Danske Frimurerlaug omfattet af Ordenens gensidige anerkendelse af Den Forenede Engelske Storloge og indgår dermed i det regulære verdensfrimureri. Johanneslogeforbundet har ca. 150 medlemmer, Det Danske Frimurerlaug ca. 1.300. Det regulære frimureri i Danmark tæller altså ca. 8.500 medlemmer.
Christian X var Ordenens Stormester i årene 1912-47. I 1924 nedlagde han grundstenen til Ordenens hovedsæde (Stamhuset) i København. Kongen blev optaget i Ordenen i 1889 og var frimurerbroder i hele 58 år.