Det egentlige logearbejde i Faaborg begyndte med spredte orienteringsmøder for brødre sidst i 1850érne hos distriktslæge Ortmann, der var bosiddende i Faaborg, men ordførende Mester i Maria til de tre Hjerter i Odense.

I november 1861 søgte Ortmann om tilladelse til at oprette en instruktionsloge og i april 1863 blev tilladelsen givet. Den 4. maj 1863 konstituerede logen sig med Ortmann som formand. Det var Danmarks første instruktionsloge.

Møderne blev holdt flere forskellige steder indtil 1914, hvor greve Henrik Bille Brahe Selby og sagfører J. C. Amtoft købte den jødiske Synagoge i Klostergade 12 og forærede den til logen. Efter en om – og tilbygning indviedes bygningen den 24. januar 1915 til loge.

I 1971, den 18. maj blev en kapitelinstruktionsloge stiftet i samme bygning, som Fyns eneste. Faaborg har således både en St. Johannes instruktionsloge, “Under Klokketaarnet” og en kapitel instruktionsloge, “Under Korset”.